Từ 2003, Ngọc Huyền trở thành ca sĩ độc quyền cho Trung tâm Asia. Cùng thời gian này, cô vẫn tiếp tục tham gia các chương trình văn nghệ tại Việt Nam.[3]

Tháng 7 năm 2005, trong chương trình Asia 46 - Hành trình 30 năm (bị chính quyền Việt Nam xem là "một chương trình phản động được dàn dựng quy mô và hoành tráng"), Ngọc Huyền đã trình bày ca khúc "Quê hương bỏ lại" với biểu hiện bị báo Việt Nam miêu tả là "khóc bi ai",[3] trong bộ áo dài họa hình chữ S trước những mô hình trại tạm cư. Một số bài báo của Việt Nam lên tiếng chỉ trích sự xuất hiện của cô trong chương trình này. Phó Giám đốc Sở Văn hóa - Thông tin Thành phố Hồ Chí Minh còn cho rằng "Chỉ cần một chương trình này thôi, Ngọc Huyền không còn xứng đáng với danh hiệu NSƯT" và còn tuyên bố "ủng hộ ý kiến không cho Ngọc Huyền về nước nữa".[8]

Tháng 4 năm 2007, Trung tâm Asia phát hành bộ đĩa DVD thứ 54 mang tên Bước chân Việt Nam, với mở đầu bằng màn quảng cáo phim Vượt sóng sản xuất ở hải ngoại, được giới thiệu là "bộ phim đầu tiên về tù cải tạo và thuyền nhân".[9] Chương trình có sự tham gia của Ngọc Huyền cùng một vài nghệ sĩ trong nước có tên tuổi như Bảo Yến và Kim Tử Long. Bộ Văn hóa - Thông tin Việt Nam đã ban hành chỉ đạo thu hồi bộ đĩa này (vốn chỉ lưu hành lậu dưới dạng đĩa giả tại Việt Nam) vì cho rằng nội dung mang tính chất "phản động"[10] và "có nhiều bài hát có minh họa hình ảnh và lời bình đả kích chế độ".[9] Tuy nhiên, sau lệnh cấm, có đánh giá rằng việc báo chí lên tiếng hay việc chỉ đạo thu hồi bộ đĩa từ phía nhà cầm quyền chỉ có tác dụng làm tăng gấp đôi giá đĩa lậu và đĩa vẫn tiếp tục được bán rộng rãi trên thị trường chợ đen; các cơ quan chức năng không thể kiểm soát hết được.[11]

Năm 2008, trong chương trình Asia 58 - Lá thư từ chiến trường, trước phông màn lửa cháy và pháo nổ, Ngọc Huyền xuất hiện trên chiếc xe jeep trong trang phục áo dài cách điệu, trình bày ca khúc "Thương về vùng hỏa tuyến" với phần ca từ mà báo Công an Thành phố Hồ Chí Minh diễn đạt là kể về "vùng hỏa tuyến lửa máu, xóm thôn hoang tàn đổ nát". Việc xuất hiện trên video này khiến cho Ngọc Huyền lại bị nhiều báo tại Việt Nam chỉ trích,[12] trong đó tờ báo Công an Thành phố Hồ Chí Minh cho rằng cô đã "rên rỉ nức nở các bài hát xuyên tạc đất nước...", "không đúng sự thực về quê nhà". Về việc này, Ngọc Huyền nói:

“ ... em cảm giác rất buồn. Khi người nghệ sĩ hay ca sĩ cầm một ca khúc để hát hoặc nhận một vai để diễn, họ chỉ biết đặt mình vào nhân vật đó chứ họ không nghĩ mình đứng bên lề chính trị này hay lề chính trị kia. Những người viết báo đó đã không thương cho những người làm nghệ thuật.[12] ”

Sau sự kiện này, việc tước bỏ danh hiệu và việc cấm biểu diễn của cô cũng được chính quyền xét lại[13] nhưng chưa được chính thức xử lý vì cô đã định cư ở nước ngoài.[14][15]

Tháng 1 năm 2010, phần của Ngọc Huyền cũng không được phía Việt Nam đưa vào cuộc triển lãm chuyên đề "Nữ nghệ sĩ cải lương miền Nam" tổ chức tại nước này.[12]

Cuối năm 2016, Ngọc Huyền được Cục Nghệ thuật Biểu diễn cấp giấy phép cho làm giám khảo cuộc thi Đường đến danh ca vọng cổ. Trả lời VietNamNet, ông Nguyễn Đăng Chương, Cục trưởng Cục nghệ thuật biểu diễn cho biết: "Sau khi có văn bản xin của Ngọc Huyền thì Bộ VHTT&DL có chỉ đạo Cục xem xét để cấp phép cho Ngọc Huyền. Chúng tôi đã xin ý kiến các cơ quan chức năng và nhận được sự đồng ý nhất trí với trường hợp này. Vì lỗi lầm của Ngọc Huyền cũng xảy ra khá lâu, hơn chục năm rồi và người ta cũng ăn năn hối cải..."[16]